納豆菌の正式な学名はBacillus subtilis var. natto（バチルス・サブチリス変種ナットー）です。これは枯草菌（Bacillus subtilis）の一種で、納豆製造に特化した変種として分類されています。納豆菌は好気性の細菌で、高温（約40-45℃）と高湿度の環境下で活発に活動します。大豆のタンパク質を分解してアミノ酸を生成し、納豆特有のネバネバした粘質物質（主にポリグルタミン酸）を作り出します。また、ナットウキナーゼという酵素も生成し、これは血栓溶解作用があることで知られています。納豆菌は芽胞を形成するため、熱や乾燥に非常に強い特性を持っています。
