レイヤーと衝突行列（Physics Collision Matrix）を使って特定のオブジェクト群同士の物理衝突を無効にする方法として正しいのはどれか？

特定レイヤー同士の衝突を制御するには、Project Settings → Physics にある Layer Collision Matrix を編集してレイヤー間の衝突を無効化できます。ランタイムで切り替えたい場合は Physics.IgnoreLayerCollision(int layer1, int layer2, bool ignore) を使う方法が一般的です。Physics.IgnoreCollision は個別の Collider 間で衝突を無視させるために使いますが、レイヤー単位の管理には Layer Collision Matrix や IgnoreLayerCollision を用いるのが効率的で管理もしやすいです。