相手の上司が部下に対してお礼を言う際に使用する表現は？

上司が部下に対してのお礼の表現としては「お疲れ様でした」が適切です。「ご苦労様です」は目上の人が目下の人に使う表現ですが、カジュアルすぎる場合があり、公式な場では避けることが望ましいです。「ありがとうございます」は通常の感謝の言葉としてどの上下関係でも使用できますが、業務終了時には「お疲れ様でした」がより適しているでしょう。